西藏阜康医院妇产儿童院区（院区三）前身是西藏阜康妇产儿童医院，经区、市两级卫计委批准，于2009年7月7日成立的一家集医疗、保健、科研、教学为一体的妇产儿童专科医院，后更名为西藏阜康医院妇产儿童分院，于2019年4月根据西藏自治区卫健委设置三级综合医院的批复，与西藏阜康医院其他院区合并，成为西藏阜康医院妇产儿童院区（院区三）。同年6月2日经拉萨市卫健委审核通过，西藏阜康医院正式成为国家三级综合医院。
西藏阜康医院妇产儿童院区（院区三）位于拉萨市城关区罗布林卡路20号药王山下，开放床位200张，在职员工356名，其中卫生专业技术人员240人，设有妇科、中医妇科、产科、儿科、新生儿科、NICU、儿童保健、模拟产房、病理科、检验科、放射科、超声诊断(B超)、PCR实验室、分子生物学实验室、组织标本库等临床医技科研科室。
辅助生殖医学中心是该院区特色科室，于2015年9月3日经国家卫生和计划生育委员会专家组评审及西藏自治区卫计委批准，在西藏自治区开展人类辅助生殖技术为西藏不孕不育患者服务，阜康辅助生殖医学中心能够同时开展夫精人工授精、供精人工授精，胚胎移植，卵胞浆内单精子注射四项人类辅助生殖技术。在全区各级党委政府的大力支持下，以及我中心全体同仁和锦江区妇幼保健院援藏专家组的不懈努力下，2016年1月25日我院第一例辅助生殖宝宝在我中心成功妊娠，截止2021年2月，我中心共实施辅助生殖技术1000多周期，已出生宝宝358例，且成功数字还在不断刷新中……
